Thời kì đầu (2006 – 2009)

Câu lạc bộ T&T Hà Nội đã giành quyền lên chơi hạng Nhì quốc gia 2007 ngay mùa bóng đầu tiên ra mắt,

Tại giải hạng Nhất năm 2008, CLB nhận được sự đầu tư lớn (hơn 10 tỷ đồng) với mục tiêu thăng hạng ngay trong mùa bóng này (lên hạng chuyên nghiệp mùa bóng 2008-09).

Khi kết thúc lượt đi giải hạng Nhất mùa 2008, Hà Nội T&T đã chiếm ngôi đầu bảng nhờ phong độ ổn định.

Vào ngày 16/6/2008, sau khi vượt qua Quân khu 5 với tỷ số 4–2, với kết quả trận đấu Cao Su Đồng Tháp thua trước Than Quảng Ninh, CLB T&T Hà Nội chính thức lên hạng chuyên nghiệp V-League 2009 sớm một vòng đấu.

V-League 2009

Kết thúc giai đoạn lượt đi, CLB Hà Nội T&T đứng cuối bảng xếp hạng. HLV Triệu Quang Hà đã bị sa thải cùng với chủ tịch CLB Lâm Hồng Điệp. HLV Nguyễn Hữu Thắng và chủ tịch mới Nguyễn Quốc Hội – một thành viên ban lãnh đạo công ty T&T, bắt đầu giữ vai trò điều hành và huấn luyện đội bóng.

Nhờ đó, Hà Nội T&T đã thi đấu rất thành công (xếp hạng ở vị trí thứ 4) và có thời điểm trở thành ứng cử viên vô địch V-League.

Thời kì HLV Phan Thanh Hùng (2010 – 2015)

Chiều tối ngày 11/1/2010, CLB bất ngờ thông báo bổ nhiệm trợ lý của HLV Henrique Calisto – ông Phan Thanh Hùng làm HLV trưởng trước thời điểm khởi tranh V-League đúng 20 ngày.

Mùa giải 2012, Hà Nội T&T giành ngôi á quân sau khi mất chức vô địch vào tay SHB Đà Nẵng,

Mùa giải 2013 là mùa giải mà Hà Nội T&T đã lên ngôi vô địch trước một vòng đấu sau chiến thắng 2-1 trước Đồng Tâm Long An.

Kỷ nguyên Chu Đình Nghiêm (2016 – 2021)

Ngày 17/3/2016, đội bóng áo tím quyết định đưa trợ lý Chu Đình Nghiêm lên tiếp quản chiếc ghế nóng ở Hà Nội T&T thay cho HLV Phạm Minh Đức.

Cuối năm 2016, CLB Hà Nội T&T đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Hà Nội.

Từ năm 2017, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội chính thức thí điểm bàn giao sân vận động Hàng Đẫy cho đội bóng Hà Nội quản lý.

Tại mùa giải 2018, nhờ hiệu ứng mạnh mẽ từ thành công của Đội tuyển U23 Việt Nam tại giải châu Á với nòng cốt là những cầu thủ đội bóng áo tím trải dài cả 3 tuyến nên khán giả thủ đô đã dần quan tâm tới đội bóng.

Trước thềm mùa giải 2019, đội bóng áo tím đã đưa về một loạt những cầu thủ chất lượng là thủ môn của Đội tuyển quốc gia Bùi Tiến Dũng cùng tiền đạo Pape Omar Faye từ CLB Thanh Hóa và trung vệ Brandon McDonald từ Penang cùng với đó, đội chia tay với Hồng Sơn, Duy Khánh và Văn Thành và thủ môn Trần Anh Đức giải nghệ.

Tại V.League 2020, đội bóng áo tím đã chia tay tiền đạo Oseni và Hoàng Vũ Samson để bổ sung thêm tiền đạo Rimario và gọi về một loạt cầu thủ trẻ đầy tiềm năng từ Hồng Lĩnh Hà Tĩnh.

Thời kỳ Hàn Quốc hóa (2021 – 2022)

Ngày 28/4/2021, huấn luyện viên người Hàn Quốc Park Choong-kyun được chọn để thay thế ông Chu Đình Nghiêm. Thế nhưng, ông Park lại khởi đầu không mấy suôn sẻ với trận thua 0–1 trước Topenland Bình Định ngay tại sân nhà Hàng Đẫy.

Mùa giải 2021 đã phải kết thúc giữa chừng do ảnh hưởng của dịch COVID-19 tại Việt Nam. CLB Hà Nội T&T chỉ giành vị trí thứ 7 trên bảng xếp hạng, không đủ điều kiện tham dự AFC Cup năm 2022.

Ngày 19/2/2022, CLB chấm dứt hợp đồng cùng HLV Park Choong-kyun ngay trước thềm V-league 2022. Thay thế vị trí HLV của ông là trợ lý Chun Jae-ho, 

Đội bóng khởi đầu mùa giải 2022 một cách chậm chạp. Tuy nhiên, đội bóng Hà Nội vẫn lần lượt vượt qua những đối thủ nặng kí như Hoàng Anh Gia Lai, Hải Phòng hay Topenland Bình Định với ngôi vị đầu bảng với cách biệt 5 điểm so với đội xếp sau.

Trong giai đoạn lượt về V-league 2022, đội bóng liên tục để thua 2 đối thủ cạnh tránh trực tiếp là Topenland Bình Định và Hải Phòng. May sao, đội bóng vẫn vớt vát được ở lượt trận áp chót khi đã giành chiến thắng thuyết phục 2-0 trước Hồng Lĩnh Hà Tĩnh qua đó lên ngôi vô địch Night Wolf V-league 2022.

Tại Giải bóng đá Cúp Quốc gia 2022 vòng chung kết, câu lạc bộ Hà Nội T&T đã lên ngôi vô địch với tỷ số 2 – 0 trước Topenland Bình Định. Từ đó xây dựng chuỗi 3 liên tiếp lên ngôi vô địch giải đấu này.

Thời kỳ Božidar Bandović

Ngày 04/01/2023, câu lạc bộ Hà Nội T&T đã bổ nhiệm ông Božidar Bandović làm HLV trưởng từ mùa giải 2023 với bản hợp đồng có thời hạn 1 năm.